Hola,
Soy desarrollador PHP Colombiano, yo ya he hecho scripts para generar archivos para enviar a entidades que verifican las finanzas de una empresa (ganancias). Vi por google unos minutos y SUNAT tiene un sistema para conectarse y mandar las facturas, las guias y las retenciones. Yo creo que puedo conectar esto a lo que tengas en tu aplicación. Incluso en internet vi varias APIs en PHP para conectar con el SUNAT, asi que solo seria usar estas librerías y pasarle la información que estas generando con tu sistema.
Gracias por tu tiempo,
Harold